ディスカバリで生成される大量のグラフ項目のせいで、目的のグラフが見つけられないという問題です。
zabbixの管理画面では、アイテムやトリガーなどは絞り込み検索ができるのですが、グラフだけは絞り込みができず、表示される最大件数の1000件を超えてしまうことがありました。
この1000件制限を緩和したく調べてみたところ、データベースのconfigテーブルのsearch_limitカラムに記録されていました。
パフォーマンス的な理由で制限が掛けられているのだと思いますが、わたしのところでは増やしても問題は感じませんでした。
これWebUIから変更できないんですよね。
アカウントの設定画面にあった「ページあたりの表示行数」を増やしても、1ページの表示件数が増えるだけで1000件制限は変わらず最大ページ番号が縮むだけでした。